管轄外本店移転のみの場合
本店を他の登記所の管轄区域内に移転する場合（管轄外本店移転）、「旧所在地にかかる本店移転の申請」と「新所在地にかかる本店移転の申請」については、同時に申請する必要があり、また新所在地にかかる本店移転の申請については、旧所在地を管轄する登記所を経由して申請する必要があります。
これらの申請により、旧所在地の登記簿は閉鎖され、新所在地に新たな登記簿が作成されます。
このとき、現在の旧所在地に登録されている印鑑を新所在地において新たに登録し直す必要があるため、登記申請書とともに印鑑届出書も添付しておきます。こうすることで旧所在地を経由して新所在地に印鑑届出書が送付され、新たに新所在地において印鑑が登録されるという流れになります。
なお、原則、印鑑登録をするときは、印鑑届出書に代表者の実印を押印しその印鑑証明書を添付する必要があるのですが、管轄外本店移転の場合、届出印を変更しないのであれば、この印鑑証明書を省略することができます。
これは、代表者が代わる場合や届出印を変更する場合と違い、単に旧所在地に登録している印鑑と同じものを新所在地に登録するだけなので、印鑑証明書を添付して真正を担保するほどのことではないでしょということです。
管轄外本店移転と代表取締役の変更を同時に申請する場合
ところが、管轄外本店移転と代表取締役の変更を同時に申請する場合は、管轄外本店移転のみの場合と勝手が違うので、注意が必要です。
例えば、東京都から奈良県に本店移転するのと同時に、代表取締役をＡからＢに変更するという場合。
管轄外本店移転のみの場合と違い、「旧所在地（東京都）を管轄する法務局」において、まず新たに代表者となるＢが印鑑登録をする必要があります。また、「新所在地（奈良県）を管轄する法務局」においても、管轄外本店移転のみの場合と同様に印鑑登録をする必要があります。
つまり、新・旧所在地を管轄する法務局双方に印鑑届出書を提出する必要があるため、注意が必要です。
なお、印鑑届出書に添付する印鑑証明書については、「旧所在地（東京都）を管轄する法務局」への印鑑登録は、普通の代表者変更による届け出なので、印鑑届出書に新代表者Ｂの実印を押印し、印鑑証明書を添付する必要がありますが、「新所在地（奈良県）を管轄する法務局」への印鑑登録は、旧所在地で新たに印鑑登録された会社実印を新所在地で登録し直すというものなので、管轄外本店移転のみの場合と同様に印鑑証明書を省略することができます。
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